Nacido en Neuf Brisach, Francia, el 29 de diciembre de 1769; empezó su carrera militar en 1784. Tomó parte en muchos combates en las guerras de la Revolución y del Imperio. Después de Austerlitz, en que hizo rendirse a una importante división rusa, fue ascendido a coronel de infantería. Asistió a la campaña de Prusia (1807) y fue herido gravemente en Heilsberg. En España y Portugal se encontró en innumerables batallas; en Albuera una bala le fracturó la pierna derecha. Más tarde, en el combate de Buntzlau, fue ascendido a general de división; en Leipzig, fue nuevamente herido y continuo la campaña de 1814.
En los Cien días, acompañó a Napoleón, que lo designó Conde y par de Francia, y quien, en testimonio de su afección, le dejó en su testamento un legado de cien mil francos. Después de Waterloo, emigró a Estados Unidos y se vino a Buenos Aires en el barco equipado por Carrera, a quien le ligó estrecha amistad.
Destinado a Chile, San Martín lo nombró jefe del Estado mayor. Fue tal vez, el militar extranjero con antecedentes más distinguidos que llegó en esa época a Chile, pero su actuación en este país no correspondió a su fama. En septiembre de 1817, fue enviado al ejército del sur que operaba contra los realistas encerrados en Talcahuano. Fue autor del plan de ataque a esa ciudad, que se efectuó el 6 de diciembre de 1817, cuyo fracaso se atribuyó a lo defectuoso del plan.
Después de Cancha Rayada, en vez de acompañar a San Martín y O’Higgins y ayudarlos en las dificultades consiguientes a ese desastre, siguió a Santiago, donde contribuyó al desconcierto con sus informes pesimistas, y poco después se trasladó a los baños de Colina, con la excusa de una enfermedad. Poco antes de la batalla de Maipo, se presentó en el campo de batalla solicitando licencia, lo que motivó que San Martín lo suspendiera de su cargo. Pasó a Buenos Aires, donde presentó al gobierno una Exposición de su conducta observada en Chile, en la que hacía graves cargos a San Martín por errores cometidos en la dirección de la guerra. San Martín hizo publicar la exposición de Brayer en Buenos Aires, en Octubre de 1818, y agregó su contestación en que presenta a dicho general como un militar sin méritos y lleno de arrogancia.
En Santiago, en 1818, se publicó un opúsculo de 21 páginas, titulado “Contestación de los jefes del Ejército Unido de los Andes y Chile al manifiesto del ex-mayor general D. Miguel Brayer, sobre su conducta en el tiempo que permaneció en Sud América” (reproducido en el Archivo de San Martín, Tomo XI, páginas 94 – 113). Entretanto, Brayer había pasado a Montevideo, donde en 1819, hizo publicar en la imprenta que poseía en esa ciudad don José Miguel Carrera, un opúsculo de 22 páginas con el título de “Respuesta al general San Martín”. Brayer permaneció algunos meses en Montevideo y en 1819 se trasladó a Estados Unidos. Regresó a Francia, después de la caída de los Borbones, donde se le repuso en sus títulos y honores. Falleció en 1840.