Autonomía del plantel se perdió y dio paso a la época de los rectores delegados, nombrados por la Junta Militar. La UdeC, junto al resto de las casas de estudios del país, entraron en un sueño profundo, en el que se puso énfasis en la especialización profesional, limitando el vínculo con la sociedad.
Desde la década del 60, la presencia del movimiento estudiantil en la Universidad de Concepción adquirió gran fuerza, constituyéndose en un actor político de primer orden en la vida nacional. Así lo describen los académicos Danny Monsálvez y Mario Valdés, del Departamento de Historia, en su artículo “El golpe de Estado de 1973 y la intervención militar en la Universidad de Concepción”.Paralelamente, el nacimiento del MIR y su influencia a nivel local y nacional, fue configurando y proyectando la imagen de una “universidad roja”, que estaba a la vanguardia de los procesos sociales y políticos del país.
Tras el Golpe de 1973, el nuevo eje fue la despolitización de la vida universitaria. Una vez excluidas las influencias político partidistas que contaminaron -según la Junta Militar– el quehacer y la convivencia universitaria; las instituciones de nivel superior debían volver a desarrollar las actividades que le eran propias: docencia, investigación y extensión universitaria, limitando de este modo el vínculo con la sociedad.
En el nuevo escenario que comenzó a configurarse desde el 11 de septiembre, cobró relevancia la pronta política de intervención en las universidades por medio del establecimiento de un rector delegado, nombrado desde el Poder Ejecutivo establecido en Santiago, y sujeto solamente a su control; pues, duraría en su cargo por el tiempo que gozara de la confianza de la Junta Militar de Gobierno.
“Al 11 de septiembre de 1973 me desempeñaba como director del Consejo de Difusión Cultural de la Universidad de Concepción, cargo ganado por concurso público. El Golpe en la Universidad de Concepción tuvo serias consecuencias académicas, la violencia tenía que ver con la presencia en su seno de un grupo de encendidas proclamas revolucionarias: el MIR”, recuerda el historiador, Alejandro Witker, quien recalca que el rector Carlos Von Plessing Baentsch, “era partidario del Golpe y había ganado recientemente las elecciones, no obstante, su simpatía por el nuevo Gobierno no fue suficiente y fue reemplazado por el ecónomo del hogar universitario, Guillermo González, quien era capitán (r) de Navío. La designación de González fue probablemente uno de los mayores vejámenes sufridos por la academia, solo comparable cuando un exmaestro en la Escuela de Caballería de Linares asumió la rectoría de la Universidad de Chile”, sostiene Witker, quien fue detenido, declarado prisionero y luego exonerado.
Quien vivió como estudiante de Medicina la época de los rectores delegados fue la senadora de la UDI Jacqueline van Rysselberghe.
“Mi paso por la universidad fue en la década del 80, por lo que pude advertir el escenario de esa época, en que ya se había iniciado un proceso de transición encabezado por el gobierno militar, que luego desembocó en el proceso plebiscitario de 1988. Un período de mucha expectación respecto del futuro inmediato y hacia dónde transitaría Chile finalmente. Efectivamente hubo un apagón cultural, no así político. Más allá de las restricciones, la universidad, incluso en esa época, fue un espacio político muy efervescente”, sostiene.